В 1962 году Глеб Якунин был рукоположен в сан священника, но в мае 1966 года церковной властью был «впредь до раскаяния — запрещен в служении».
Отец Глеб Якунин — один из старейших членов Московской Хельсинкской группы. Участвовал в диссидентском движении, отсидел 5 лет в лагере политзаключенных «Пермь-37», а затем два с половиной года провел в ссылке в Якутии.
В начале 90-х годов занялся активной политической деятельностью, стал сопредседателем движения «Демократическая Россия». В 1990 году избран народным депутатом РСФСР, был заместителем председателя Комитета Верховного Совета РФ по свободе совести.
В 1993 году Русская православная церковь наложила запрет на участие священников в выборах в органы представительной и исполнительной власти. Однако Глеб Якунин этому решению не подчинился, был избран депутатом Госдумы. И лишен сана священника. В 1997 году за неподчинение священноначалию был отлучен от Русской православной церкви.
Глеб Якунин неоднократно был гостем Радио Свобода […]. Последний раз в эфире Радио Свобода голос Глеба Якунина звучал 12 июля 2014 года — в день смерти журналиста, оппозиционного политика и общественного деятеля Валерии Новодворской:
Об уходе отца Глеба Якунина говорит его друг священник Яков Кротов:
— Я думаю, что его кончина — трагедия для многих. В свое время, еще в 60-е годы, его жизнь объединила, как ни странно, самых разных людей. Когда церковные власти наказали его по распоряжению светских властей и КГБ, многие московские священники скидывались деньгами и тайком помогали отцу Глебу и его семье. Это повторилось и в конце 70-х, когда он был отправлен в концлагерь еще раз. Это было такое тайное объединение. На поверхности моря российского отца Глеба честили и раскольником, и анафематствовали, и как только не ругали, но на глубине... Знаете, если завтра уйдет власть, которая распоряжается ругать, то все ругавшие, начиная со Святейшего Патриарха Кирилла, скажут по совести, что это был один из немногих настоящих и верных христиан. Его неискренне ругали и искренне, а в глубине сердца восхищались им и будут восхищаться. Такова сила личности человека, который всегда стоял за правду. Эта смерть — конечно, потеря для всех нас, но это приобретение для святых, это приобретение для дела свободы. Сил в последнее время у отца Глеба было очень мало. Последние два месяца он был совсем лишен движения. Но теперь, когда его жизнь завершена, я думаю, что эта жизнь — урок, в каком-то смысле икона, но не та, перед которой расшибают лоб, а та, с которой идут на баррикады.
Отца Глеба вспоминает бывший народный депутат СССР Сергей Станкевич:
— Отец Глеб был живым человеком с активной совестью. На происходящие события он реагировал прямо, непосредственно, не сглаживал углы и действительно был, что называется, божьим человеком. Без таких людей — праведников и проповедников — Россия не живет. В то время как многие в сложнейшие годы начала демократических преобразований в России ограничивались просто какими-то политическими лозунгами, он активно стремился менять действительность. Прямо скажем, с ним было непросто именно в силу его бескомпромиссности, но он был крайне нужен. Я даже представить себе не могу, что его больше с нами не будет, и заменить его в нынешних условиях практически некем.
Об уходе Глеба Якунина говорит правозащитник, член Московской Хельсинкской группы Валерий Борщев:
— Смерть отца Глеба — это уход целой эпохи. Я знал его почти 40 лет. Мы с ним познакомились в 1975 году, он тогда создал Комитет защиты прав верующих, тогда это была острейшая проблема. Я с ним участвовал в деятельности этого комитета. И меня поражала удивительная чистота отца Глеба, энергичность, оптимизм в самое тяжелейшее время. Александр Исаевич Солженицын написал об отце Глебе в письме патриарху Пимену, что вот человек, который ставит главные проблемы церкви, общества и что он запрещен в служении, что гонение церкви на него просто преступно, но это письмо не изменило положение отца Глеба, он был запрещен к служению. Но держался он очень мужественно. Вокруг него собирался народ, он умел объединить людей, и люди шли за ним. А потом был лагерь. Я к нему приехал в 1984 году, буквально на следующий день, как только он освободился из лагеря, в Якутию. Там был декабрь, жуткий холод, унылая природа. А он и там был оптимистичен, энергичен! А вернувшись в Москву в 1987-м, он тут же начал активную деятельность. Я поражаюсь этому человеку! Я поражаюсь тому, что он сделал, его роли в жизни общества, церкви. И то, что патриархия так и не восстановила его в служении, это суровый укор ей, история будет помнить это. История будет помнить отношение к отцу Глебу, к этому выдающемуся человеку, которым может гордиться Россия, должна гордиться церковь, должно гордиться российское общество. И я горжусь, что я был связан с этим человеком. Я благодарен судьбе, что она меня с ним свела, и боюсь, что таких людей еще очень долго не появится. Упокой, Господи, душу усопшего раба Божия Глеба.
О роли отца Глеба Якунина в российской общественной и религиозной жизни говорит историк религии, правозащитник Лев Регельсон:
— Я разделяю со всеми нашу скорбь о том, что от нас ушел к Богу совершенно удивительный человек, которого я знаю 50 лет, с самого начала своего христианского пути, с ранней юности. Он со студенческих лет был другом отца Александра Меня, был одним из его соратников. Хотя у них были совершенно разные пути. Александр Мень был миссионером, никогда никого не обличал, но когда кто-то при нем осуждал отца Глеба — почему он занимается церковной политикой, отец Александр Мень очень строго их одергивал: «Не смейте осуждать отца Глеба, у него такая харизма от Бога, это его призвание. Сами можете этим не заниматься, но его не осуждайте». И он всегда, где он видел какое-то нечестие, говорил об этом громко, во весь голос. А это было страшновато в те времена, и он за это претерпел немало, и церковные гонения, и политические, отсидел тяжелейший срок в лагере, в ссылке в Якутии, сплетал там руками железные тросы. Видимо, там заработал тяжелую болезнь, которая свела его в могилу. Но надо сказать, что, хотя обличал он гневно, беспощадно, очень остро, но как человек он был кротчайший, добрейший, смиреннейший. Все, кто его знали, могут это подтвердить. И самое интересное, что даже к тем, кого он обличал, личной ненависти у него никогда не было. Умирал он мучительно, долго. Молодой врач узнал, кого он лечит, прочел его работы, проникся к нему благоговением и говорил: «Через мои руки прошли многие люди, но такого мужественного человека я не встречал. Мучения у него страшные, а он вида даже не подает».
Господь его принял на праздник Рождества, и это великий знак. Только очень избранных людей Господь забирает на великие праздники. И хотя мы очень скорбим, но, с другой стороны, его земные мучения окончились, и я выражу от себя глубочайшую уверенность, перед Господом скажу, что у нас появился новый молитвенник у престола Божия — за церковь, за Россию, за весь страдающий мир. Ибо сердце его горело любовью к людям. Прошу всех, кто может, о нем молиться, а кто не умеет, просто помянуть его добрым словом, — вспоминает Лев Регельсон.